Urodził się 2 lutego 1949 roku w Toruniu, jest reżyserem teatralnym i filmowym, publicystą i literatem. W czasach PRL-u był działaczem niepodległościowej opozycji antykomunistycznej.
Ukończył IV Liceum Ogólnokształcące i Szkołę Muzyczną w rodzinnym Toruniu. Studiował na Wydziale Elektroniki Politechniki Warszawskiej, z której dwukrotnie, jako współorganizator i przewodniczący uczelnianego komitetu strajkowego, podczas wydarzeń Marca’68, był usuwany. Pracę dyplomową, napisaną pod kierunkiem dr. hab. inż. Witolda Straszewicza , specjalisty w dziedzinie akustyki architektonicznej, obronił w 1974 roku. Niestety brak zgody Komitetu Uczelnianego PZPR stanął Bogdanowi Czajkowskiemu na drodze do kontunuowania planowanej kariery naukowej.
Po ukończeniu studiów szkolił i nadzorował realizatorów dźwięku oraz dziennikarzy w Ośrodku Doskonalenia Zawodowego Radia i telewizji, późniejszej Akademii Telewizyjnej. Z pracy na żądanie SB usunięto go w 1976 roku. W 1977 roku został kierownikiem pracowni akustycznej w stołecznym Teatrze Polskim oraz rozpoczął studia na Wydziel Reżyserii Dramatu w Państwowej Wyższej Szkole Teatralnej im. A Zelwerowicza w Warszawie, które ukończył w 1981 roku. W tym samym roku na zaproszenie Tadeusza Łomnickiego ówczesnego dyrektora Teatru na Woli realizował współpracując z Romanem Polańskim spektakl „Amadeusz”.
Po wprowadzeniu stanu wojennego działał w podziemiu, jego warszawskie mieszkanie było konspiracyjnym miejscem spotkań redakcji Tygodnika Mazowsze.
W latach osiemdziesiątych Bogdan Czajkowski reżyserował spektakle w teatrach m.in.: w Teatrze W. Horzycy w Toruniu, w Słupskim Teatrze Dramatycznym, w Teatrze im. Juliusza Osterwy w Lublinie i białostockim Teatrze Dramatycznym.
W latach 2006-2013 przebywał na emigracji w Australii. Tam też na zlecenie IPN prowadził projekt badawczy dotyczący polskiej emigracji, zwłaszcza tej solidarnościowej na terenie Australii i Nowej Zelandii, na który złożyło się kilkadziesiąt sfilmowanych relacji emigrantów. Dzięki jego staraniom udało się odtajnić nowozelandzkie archiwum dotyczące sierot, po sowieckich wywózkach, uratowanych przez armię gen. Władysława Andresa, zwanych dzieci z Pahiatua.
W 2017 roku bez powodzenia starał się o stanowisko dyrektora teatru Wilama Horzycy w Toruniu.
Miejsca w regionie, związane z postacią:
