Główna siedziba zakładu znajduje się w prawobrzeżnej części miasta, w dzielnicy Rybaki, przy ul. Rybaki 31-35, w sąsiedztwie Ogrodu Zoobotanicznego i Portu Zimowego.
Wodociągi Toruńskie ze względu na swój nowoczesny wygląd stanowią doskonały przykład współczesnej architektury przemysłowej.