Kościół jest czołowym przykładem gotyckiej architektury franciszkańskiej w Polsce. Kościół został wzniesiony dla sprowadzonego do Chełmna w 1258 roku zakonu franciszkańskiego, w rękach którego pozostawał aż do kasaty zakonu w 1806 roku. Budowa kościoła trwała od XIII do XIV wieku. Kościół jest budowlą halową z prosto zakończonym prezbiterium.
